巴彦淖尔市农牧业科学研究院，是巴彦淖尔市直属公益性事业单位。处级建制，下设14个研究所（中心）、5个管理性职能科室（组）、1个开发实体，共20个内设机构。现有在职职工160人，其中高级职称以上人才45人，硕士以上学历16人，自治区、市、旗三级人大代表和政协委员4人，有重大贡献人员1人，学术带头人4人，中青年专家12人。
    目前研究的重点是，针对农业和畜牧2类农产品的有效供给，在农业、畜牧和农机3大领域和品种、技术、装备和产品检测4个层面，重点对粮食、油料、糖料、瓜类、蔬菜、乳品、肉类、绒毛、饲草、药材等10个产业，开展技术研究。是国家现代产业技术体系向日葵和大麦综合试验站、自治区现代产业技术体系向日葵和肉羊研发中心、自治区农牧业科学院与市政府合作共建的现代农牧业科技创新中心、自治区农牧业科学院巴彦淖尔分院、国家和自治区农作物新品种区域试验基地、自治区科技成果转化中心、自治区科技推广专家大院、内蒙古农产品质量安全检测中心巴彦淖尔分中心、农村区域科技成果转化中心、校外教学实验实习基地、巴彦淖尔市优质小麦国家大型商品粮生产基地、巴彦淖尔市小麦原原种扩繁基地。共累计获得国家、自治区、市级科技成果240多项，自育农作物品种30多个，获得国家专利9项，注册商标4个，其中“内蒙古著名商标”1个和“产地证明商标1个”。 在农业部2007年全国农业科研机构综合科研能力评估中，排名内蒙古自治区盟市科研院所第一位。是当地的农牧业产业发展，最主要的技术支撑单位。

    主要职能是针对全市农牧业生产中存在的关键性科学技术问题开展应用基础、应用技术和技术开发研究；承担国家、农业部、自治区和巴彦淖尔市下达的农牧业科技攻关及其他研究任务；开展农牧业科技信息、科技管理等软科学研究；开展科研成果的示范转化，发挥的科技中转、熟化、示范推广的作用。