本发明公开了一种水产动物消化道优势菌群结构的分子鉴定方法及其专用引物。该专用引物中的上游引物具有序列表中的SEQ ID No.1，下游引物是序列表中的SEQ ID No.2。该鉴定方法包括以下步骤：1)获得消化道各段及各段内容物作为待测样品;2)提取待测样品的总DNA;3)以待测样品的总DNA为模板，在上述专用引物的引导下进行PCR扩增;4)对目的片段进行变性梯度凝胶电泳，银染后得到DGGE指纹图谱;同时另设一测序组;5)对DGGE指纹图谱进行聚类及半定量分析;6)从测序组中回收优势条带，并以此为模板，在专用引物的引导下进行PCR扩增，对目的片段进行测序;7)对测序结果进行序列比对分析，确定消化道优势菌群结构。