本发明涉及一种产嗜酸β-甘露聚糖酶的菌株Bispora sp.MEY-1，和从该菌种中得到的嗜酸β-甘露聚糖酶MAN5A，其具有如SEQ ID NO.1或2所示的氨基酸序列，编码上述β-甘露聚糖酶的基因man5A，其具有如SEQ ID NO.1或2所示的核苷酸序列，以及包含该基因的重组载体和应用。本发明的β-甘露聚糖酶的具有以下性质：最适pH 1.0～1.5，最适温度65℃，良好的pH稳定性和热稳定性、高比活;极好的蛋白酶抗性以及易于工业化发酵生产。作为一种新型的酶制剂，可广泛用于动物饲料、食品、医药、酿酒、能源工业等。